Стефан, а вернее, просто Степан Наливайко родился в 1898 году в селе Константиновка Бердянского уезда Таврической губернии (ныне это Запорожье) в бедной крестьянской семье.
Мать Степана, Евфросиния Романовна, стремилась дать сыну духовное образование: после окончания церковно-приходской школы он поступает в духовное училище при Григорие-Бизюковом монастыре, что в Херсонской губернии. В четырнадцать лет Степан вернулся домой, а в 1914 году, когда ему исполнилось шестнадцать, он поселился в Корсунско-Богородицком монастырском подворье и пел в монастырском хоре.
Зимой 1917 года Стефана забрали в армию – в состав 134-го Феодосийского полка. И он был сразу же отправлен на Румынский фронт, где тогда начиналось наступление австрийских и германских войск. Полк, где служил Стефан Наливайко, оказался в окружениеи. И вскоре Степан попал в концлагерь «Ламсдорф», где он и встретил окончание войны.
К тому времени Украина по Брест-Литовскому договору отошла к Германии и мать Стефана, Евфросиния Романовна, обратилась к оккупационным властям с просьбой разрешить вернуться сыну домой. Разрешение было получено, но тут в Германии произошла революция, и о военнопленных забыли. Стефан бежал из концлагеря, прошёл часть Германии, Австрии, Венгрии, переправился через Российскую границу и благополучно добрался до Херсона.
Вернувшись домой, он устроился работать в храм во имя Казанской Божией Матери псаломщиком, а также и женился – на круглой сироте Харитине. Через год у молодых родилась дочь Раиса.
А потом Степан увидел сон, по его собственному призванию, перевернувший всю его жизнь. Он увидел и Небесный Иерусалим, и ангелов, и шестикрылых серафимов, и Господа нашего в свете Фаворском, который призвал его бороться с гонителями церкви.
И вот в начале апреля 1923 года он оставил дом, жену, дочь и хозяйство и отправился странствовать в Москву, в Данилов и Донской монастыри (именно это место и было указано в сновидении).
Как раз в это время в Москве скончался патриарший архидиакон Константин Розов. Отпевание и похороны проходили на Ваганьковском кладбище. Народу собралось множество. Степан взошёл на возвышение и сказал проникновенное слово о почившем архидиаконе, а затем, обращаясь к народу, прибавил:
– Время сейчас очень трудное, тяжёлое, но это время избавления народа от греха, поэтому прошу вас – не забывайте Бога. Крестите детей. Не живите невенчанными. А главное, живите по совести. Настанет время, когда православные христиане воспрянут, Бог этих богоненавистников свергнет!..
Разумеется, после такой проповеди он был арестован.
– Ваше имя, ваши документы? – уже в тюрьме спросили его.
Степан расстегнул на груди рубашку и показал большевикам тяжёлый оловянный крест:
– Я воин Иисуса Христа. Вот мои документы. Больше у меня нет ничего.
– Воин, значит. А какое у вас воинское звание?
– Рядовой истинно православный христианин..
– И какому же государству принадлежит ваше воинство?
– Новому Иерусалиму.
Следователь ничего не понял и спросил, кто же управляет этим городом: буржуи или рабочий класс?
– Сходящий с небес, – усмехнулся Стефан.
– Так, ладно. Как вы оказались на Ваганьковском кладбище?
– Попал я на Ваганьковское кладбище, водимый Духом, данным мне от Бога, с целью свидетельствовать слово Божие. На кладбище было много народа, к которому я обратился с речью и указал, что настаёт время избавления от греха.
– Как относитесь к советской власти?
– Я настоящую власть не одобряю, потому что она не признаёт Бога. Я послан бороться с этой властью, но борьба моя не воинским оружием, а словом правды Священного Писания… Если бы власть не разоряла церкви, не убивала и не высылала священников, то я бы её приветствовал, а так – нет, приветствовать я её не могу и не хочу о том врать.
После нескольких месяцев допросов сотрудник секретного отдела ОГПУ составил заключение по «делу»: «Спрошенный в качестве обвиняемого гражданин Наливайко заявил, что примириться с существующей неправославной властью он не может и впредь будет бороться с нею, но не оружием, а словом. На допросах держится с достоинством. Содержась под стражей, гражданин Наливайко направил два заявления следователю, полные упреков советской власти за якобы большое притеснение народа и предсказывая близкое её падение…»
22 сентября сотрудник 6-го отделения секретного отдела ОГПУ решил: «Признать Наливайко элементом социально опасным и, руководствуясь декретом ВЦИК, подвергнуть его высылке в административном порядке в Архангельскую губернию сроком на три года».
«На три года в лагерь!», – исправил начальник 6-го отделения секретного отдела ГПУ Евгений Тучков.
И вот в октябре 1923 года Комиссия НКВД по административным высылкам приговорила Стефана «к заключению в Соловецкий концлагерь сроком на три года».
В лагере ему пришлось плохо: он заболел цингой, отнялись ноги. Узнав о положении Стефана, его мать отправилась в Соловецкий лагерь на свидание. С собою она взяла белье и продукты. Состояние Стефана было критическим – он не ходил. На время свидания сыну и матери выделили отдельную комнату, где они пробыли несколько дней.
После окончании срока заключения в Соловецком лагере особого назначения Стефан заявил представителям ОГПУ, что свои убеждения он не изменил. За это он получил ещё 3 года лагерей. Ссылку он отбывал в Казахстане.
В 1932 году Степан Наливайко вернулся в родную Константиновку, где организовал церковную общину и добился открытия храма.
В колхоз он идти отказался. В апреле 1935 года состоялся суд над Стефаном: «за антисоветскую агитацию на религиозной почве» Наливайко был приговорен к пяти годам заключения в Норильском исправительно-трудовом лагере. Уже в начале 1937 года он был этапирован во Владивосток. Стефан написал жалобу в Москву, где через некоторое время решили его оправдать со снятием судимости.
Свой последний, четвёртый, срок он получит 7 апреля 1941 года.
Последнее письмо из Норильска придет в январе 1945 года: «До окончания моего срока остается три месяца. Даст Бог, и нам придётся ещё пожить вместе».
В середине 1945 года на запрос в НКВД его дочь Раиса получит лаконичное уведомление: Степан Пименович Наливайко умер 12 февраля 1945 года.
Постановлением Юбилейного Архиерейского Собора РПЦ 2000 года о соборном прославлении новомучеников и исповедников Русских ХХ века имя мученика Стефана Наливайко внесено в Собор новомучеников и исповедников Русских для общецерковного почитания.