Михаил Андреевич Парвицкий (так звали святителя в миру, новую фамилию «Невский» он получил в семинарии) родился в октябре 1835 года в селе Шапкино Владимирской губернии в семье бедного причетника местного храма. Вскоре Парвицкие переехали в Сибирь, где Михаил поступил в Тобольское духовное училище, а позже – в Тобольскую семинарию. По окончании учебы он, приняв монашеский постриг с наречением имени в честь преподобного Макария Великого, отправился в Алтайскую миссию нести слово Божие языческим алтайским народам.
Надо сказать, что алтайцы восприняли приезд нового миссионера весьма равнодушно: как и подобает настоящим язычникам, они смотрели на религию лишь с точки зрения практической пользы. И чаще всего к православным миссионерам обращались в состоянии тяжёлого недуга, выражая готовность креститься, если последует исцеление. Поэтому отцу Макарию приходилось выполнять и обязанности врача.
Журнал «Русский паломник» за 1911 год рассказывал о случаях излечения молитвой нескольких человек, находившихся с точки зрения медицины в безнадёжном состоянии. «Отец Макарий, – писал автор «Русского паломника», – обладает каким-то особым секретом располагать и притягивать к себе всех, с кем он встречается. Он не просто проповедует, – он входит в подробности жизни ближнего, знакомится с его нуждами, а затем уже просвещает его… Даже когда он нездоров и его лихорадит, он не бережёт себя: служит, проповедует, лечит. Известно, что однажды отец Макарий высосал смертельный для человека яд из ноги укушенного змеёй мальчика, не дав ему погибнуть. Сколько было других случаев, когда отец Макарий подвергался явной опасности, и он шёл на неё спокойно и уверенно, если видел, что это необходимо для спасения души из вверенного ему духовного стада».
В 1883 году он был хиротонисан во епископа Бийского и возглавил Алтайскую миссию. Затем святителя перевели на Томскую кафедру, а в 1912-м он был назначен митрополитом Московским и Коломенским и членом Святейшего Синода.
Епископ Арсений (Жадановский) вспоминал: «Гордой столице не понравилось его простое учительство, его строго церковное патриархальное направление. Отошедшие от веры и доброй нравственности люди считали его за отсталого, неинтересного архиерея, а пастыри, ставившие на первое место не спасение пасомых, а свои личные житейские интересы, не находили себе в митрополите поддержки».
В 1917 году, после Февральского переворота, за сохранение верности присяге государю и отказ признавать Временное правительство 82-летний святитель Макарий подвергся газетной травле. Его не допустили на Всероссийский поместный собор 1917–1918 годов, под угрозой заключения в Петропавловскую крепость принудили подать прошение об отставке и отправили в ссылку в Николо-Угрешский монастырь.
Келью митрополита Макария в монастыре дважды обыскивали чекисты. У владыки было изъято его обращение к населению с призывом молиться за упокой души императора Николая II, а также проект создания Союза приходских общин и «Воззвание» к народу по поводу дня памяти патриарха Гермогена, в котором народ призывался «восстать на защиту Святой Церкви от насилия большевиков». Владыку арестовали, но спустя некоторое время из-за опасений массовых крестьянских волнений в защиту угрешского затворника его вынуждены были освободить.
По воспоминаниям игумении Иулиании (Невакович), в 1919 году в храме Христа Спасителя для митрополита Макария организовали сбор продуктов. Собранные продукты взялись доставлять молодые люди из православного братства отца Алексея Мечёва.
Последние годы святой миссионер, забытый и покинутый почти всеми, лежал в параличе, но не потерял способности говорить. Не раз посещал больного владыку патриарх Тихон. Последнее их свидание состоялось в августе 1924 года, незадолго до смерти обоих угодников Божиих. Митрополит Пётр (будущий священномученик), став патриаршим местоблюстителем, просил у старца благословения, и святитель с любовью подарил ему свой белый клобук.
В 1925 году советская власть закрыла Угрешский монастырь; владыка Макарий и проживавшие с ним в архиерейском доме 13 человек выехали в соседнее село Котельники. Там 29 февраля 1926 года святитель отошёл ко Господу и был погребён в ограде близ алтаря местной церкви. В августе 2000 года на Юбилейном Архиерейском соборе Русской православной церкви митрополит Макарий был причислен к лику святых.