В мае 1944 года скончался патриарх Сергий (Страгородский), который возглавлял церковь после смерти патриарха Тихона, будучи сначала заместителем местоблюстителя патриаршего престола, а потом и самим местоблюстителем. Лишь в 1943 году, во время Великой Отечественной войны, он был избран патриархом.
В этот же день Священный Синод в соответствии с завещанием почившего назначил на должность Местоблюстителя патриаршего престола митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия (Симанского). А уже 31 января 1945 года в Москве был собран Поместный собор Русской православной церкви для избрания нового патриарха Московского и всея Руси.
Собор, заседания которого проходили три дня в московском храме Воскресения Христова в Сокольниках, был более чем представительным: в его работе принимали участие 46 архиереев, 87 клириков и 38 мирян из 89 епархий РПЦ. Общее число присутствовавших на соборе составило 204 человека, в качестве почётных гостей на собор приехали патриархи Александрийский и Антиохийский, Грузинский католикос-патриарх, представители Константинопольского и Иерусалимского патриархов, а также делегации Сербской и Румынской церквей.
Ещё накануне голосования, во время утверждения процедуры голосования, против неё выступил Лука (Войно-Ясенецкий), архиепископ Тамбовский. Он предлагал вернуться к практике Поместного собора 1917–1918 годов, когда избрание патриарха совершалось по жребию. Такое предложение было невыгодно представителям государственной власти, поэтому святитель Лука на собор допущен не был.
В итоге патриарх был избран в ходе открытого голосования. Каждый из епископов, начиная с младшего по хиротонии, на вопрос, кого он с клиром и паствой (епархии) желает видеть патриархом Московским и всея Руси, отвечал: «Избираем патриархом Московским и всея Руси высокопреосвященнейшего Алексия, митрополита Ленинградского и Новгородского».
Во время войны Алексий (Сергей Владимирович Симанский) прославился как «блокадный батюшка»: отказавшись от эвакуации в годы блокады Ленинграда, он каждый день совершал богослужения, ободрял и утешал верующих.
Митрополит Антоний Сурожский рассказывал о своей первой встрече с патриархом Алексием: «Крестовая церковь Патриарха; краткое ожидание и внезапно – его присутствие: старец, тонкий, даже хрупкий, невысокого роста, но который нигде не мог бы пройти незамеченным. Очень сдержанный в обращении, очень простой, по внешности – чистый монах, держащийся в тени, он выделялся из своего окружения, приковывал к себе взор и как бы требовал к себе внимания своим спокойным величием, излучаемой им уверенностью: „Всё от Бога, всё в руке Божией, поэтому всё без исключения может быть, должно быть поводом, ниспосланным Господом, для христианского делания, для дела Божия“».
25 лет патриаршего служения первосвятителя Алексия были довольно разными, но цель, которой отдавал предстоятель все силы, всегда была одна: сохранить церковь в условиях тоталитарного атеистического режима. Кроме того, на годы служения Алексия выпал огромный труд по умиротворению церковных расколов: именно он забил последние гвозди в крышку гроба «обновленческой» ереси, а также создал условия для примирения с православным духовенством, оказавшимся после революции за границей.
В своём завещании патриарх Алексий I обращался к пастве: «Самая главная просьба ко всем, с кем мне приходилось иметь общение, это просьба о молитве за меня, да приимет Господь дух мой в Свои светлые обители, простив мне вольные и невольные грехи Своим Божественным милосердием».